| august 24 2016 |  R. Ramadhani | FC Johor Baharu #2 | FC Klang (Împrumut) | (RSD35 932) |
| august 24 2016 |  B. Noh | FC Johor Baharu #2 |  FC Chilung #9 | RSD2 047 022 |
| august 4 2016 | W. Jeong | FC Johor Baharu #2 |  Shijiazhuang #24 | RSD2 113 784 |
| august 1 2016 |  A. Díaz | FC Johor Baharu #2 |  FC Kingston #20 | RSD3 433 878 |
| iulie 9 2016 |  K. Yoshinobu | FC Johor Baharu #2 |  Bangkok F.C. #3 (Împrumut) | (RSD41 338) |
| iulie 9 2016 | M. Mazhud | FC Johor Baharu #2 |  Qui Nhon #10 (Împrumut) | (RSD39 587) |
| iulie 7 2016 | A. Azman | FC Johor Baharu #2 | FC Kota Belud (Împrumut) | (RSD30 743) |
| iulie 4 2016 | R. Mutali | FC Johor Baharu #2 | Bien Hoa #3 (Împrumut) | (RSD33 694) |
| iulie 3 2016 | S. Baariq | FC Johor Baharu #2 |  FC Phuntsholing #12 | RSD2 080 800 |
| iulie 3 2016 | F. Imdad | FC Johor Baharu #2 |  FC Sibolga | RSD1 282 935 |
| mai 18 2016 | A. Ahmad | FC Johor Baharu #2 | Hanoi #34 (Împrumut) | (RSD50 721) |
| mai 15 2016 | R. Jamaluddin | FC Johor Baharu #2 | FC Seremban #7 (Împrumut) | (RSD30 381) |
| mai 15 2016 | M. Mazhud | FC Johor Baharu #2 | Ba Ria #4 (Împrumut) | (RSD28 771) |
| mai 15 2016 |  S. Valgaeren | FC Alba | FC Johor Baharu #2 | RSD3 416 061 |
| martie 22 2016 | A. Ahmad | FC Johor Baharu #2 | Hanoi #19 (Împrumut) | (RSD34 124) |
| martie 21 2016 | K. Hijazi | FC Johor Baharu #2 | Rach Gia #6 (Împrumut) | (RSD38 806) |
| februarie 4 2016 | K. Watnabe | FC Johor Baharu #2 | Yen Bai #7 (Împrumut) | (RSD44 928) |
| februarie 4 2016 | Y. Seo | FC Johor Baharu #2 | Hanoi #8 (Împrumut) | (RSD50 918) |
| februarie 4 2016 | B. Noh | FC Johor Baharu #2 |  Tuen Mun #6 (Împrumut) | (RSD40 349) |
| decembrie 15 2015 | Y. Seo | FC Johor Baharu #2 |  FC Sittwe (Împrumut) | (RSD33 280) |
| decembrie 15 2015 | B. Kulawanit | FC Johor Baharu #2 | Ho Chi Minh City #35 (Împrumut) | (RSD33 246) |
| decembrie 15 2015 | W. Jeong | FC Johor Baharu #2 | FC Bandar Petaling Jaya #2 (Împrumut) | (RSD36 067) |
| decembrie 15 2015 | F. Imdad | FC Johor Baharu #2 | Thai Nguyen #8 (Împrumut) | (RSD32 135) |
| octombrie 25 2015 | F. Imdad | FC Johor Baharu #2 | Qui Nhon (Împrumut) | (RSD30 261) |
| octombrie 18 2015 | A. Díaz | Cienfuegos #2 | FC Johor Baharu #2 | RSD3 842 796 |
